数値計算まとめと発表練習の続き

論文校正用に行っていた数値実験の結果をまとめた。乱数で発生させている問題のため、同じ設定で乱数の種だけを変更したり、など実験を繰り返してあるため、まとめるファイルも 2000 程度あった。一つ一つファイルを整理すると、間違いなくミスするので、python のスクリプトを書いて一気に処理をした。やはり、大量のファイルを処理するときに python は便利である。 あと、発表練習については、ようやく英語でしゃべれるようになってきた雰囲気がある。ただ、かなり単調にしゃべっているので、もう少し抑揚をつけるようにしたい。 今日の作業内容：数値結果まとめ 2h + 発表練習 2h 今日のランチ：志波田 鶏のから揚げとお蕎麦膳明日の予測作業時間：2h

SFSDP はグラフ表示部分だけoctave だとダメだった

sparsepop に続いて SFSDP も octave で実行できるかを確認。
すると、プログラムを一部修正すると SFSDP の計算部分はそれなりに動く（Matlab版に比較すると、かなり時間がかかる）。
ただし、結果を表示する plot などの命令がうまく働かずグラフ表示はうまく機能していない。

とりあえず、octave についてここまでで解かったことを書いておく。
(1) 密行列のあつかいとその計算は、かなり OK。つまり、Lapack ができる範囲はだいたい手軽にできる。
(2) 疎行列の実装はそれなりに進んでいるが、細かいところがまだ未完成。
(3) グラフ表示については、gnuplot と連携している関係で Matlab とは書式が異なる模様。
(4) 疎行列のデータ構造がバグを含んでおり、一度バグが発生するとその行列についてはほかの命令でもバグが出ることがある。
(5) ３年前などに報告されているバグがそのまま修正されずに残っているものがそれなりにある様子。

Matlab のソフトウェアを octave で使う場合には、「密行列だけ」などを扱う場合には OK である。
それ以外の場合には、ある程度注意をすることが良さそうである。

今日の作業内容：発表練習 2h + octave チェック 2h
今日のランチ：味庵　叉焼と海老炒飯
明日の予測作業時間：4h

発表練習

そろそろ台湾出張も近づいてきたので、この前作った資料で発表練習をしてみた。
やはり、英語で引っかかることが多いので、何回か練習する必要がありそうだ。
ただ、今回は時間が長いため、丸暗記することもできないし、「本格的に英語で発表する」という練習にもなりそうだ。


今日の作業内容：発表練習 4h
今日のランチ：らく　さけいくら丼
明日の予測作業時間：5h

sparsepop は octave だと動かなかった

Matlab がインストールできないところでも sparsepop を使えるかどうか調べるために、octave 上でうごかせるかどうかを調べてみた。
Ubuntu 10.10 の octave の場合、SeDuMi も少し書き直せば動かせるので、sparsepop もいけるかと思ったが、どうやら簡単にはいかないらしい。

mex のコンパイルは通るが実行すると、
error: sortrows: sparse matrices not yet supported
というエラーで止まってしまう。やはり、疎行列については、Matlab のほうが octave よりも有利なようだ。

今日の作業内容：sparsepop 確認 2h + 数値実験確認 2h
今日のランチ：信華園　レバニラ炒め
明日の予測作業時間: 5h

SDPA-QD,DDのバグ取り

今まで気がつかなかったが、SDPA-QD,DD ではQD,DDライブラリのバグで動作しないことがある。

これは、文字列からのコンストラクタのところで、

dd_real("3.1415926535e+10");

なら問題ないが、これが文字列が長い、例えば

dd_real("3.111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

11111111111111111111111111111111111111111111111111111

111111111e+10");

とかすると、nanが生成されてしまうようである。

どうやら桁数が多すぎると対応できないようであるが、もともとこのような桁数は

dd,qd には入力できないので、必要な桁数まで省略してからコンストラクタを

呼ぶように変更した。

とりあえず、これで問題なくSDPA-QD,DDともに動作する。

（桁数が多すぎるのは、もともと SDPA-GMP 用に生成した入力ファイルのためで、

SDPA-GMP だと300文字ぐらいあっても、問題なく変換している。)

あと、査読については週末に読みきったので、あとはレポートを作成して

報告すればOKとなる。

今日の作業内容：SDPA-QD,DD のバグ取り 2h + 数値実験途中経過確認2h

今日のランチ：シッダルータ　チキンカレー

明日の予測作業時間： 5h

資料９割方完成

ここ２週間かかっていた発表資料だが、ほとんどの部分が完成した。
あと、若干のデータを入力した後で、どれくらいの時間がかかりそうかの目安を把握することになる。

あと、査読がまわってきたので、こちらもチェックを始めることにした。
さすがに発表資料ばかりに偏っていると、偏った発表資料になるので、クールダウンとしてちょうどいいかと考えている。
同じ雑誌のほかの論文も持ってきて、どれくらいのレベルかを見るところから始めている。

今日の作業内容：発表資料作り 4h + 論文読み 2h
今日のランチ：らく 焼き魚定食
明日の予測作業時間：4h

latexdraw にバグがある様子

発表資料作りの続きをしているが、どうやら latexdraw の一部にバグがあるようだ。
四角を書く psframe を使うと、svg だと正しい位置に表示されるのに、tex で保存すると位置がずれてしまう。
これについては、明日のうちにバグリポートとしてまとめよう。

とりあえず、発表資料は SDPARA まで粗方作成したので、あとは SDPA-GMP, Online solver の説明のあたりである。
ざっと内容を読み直して、明日のうちにはできるだけ作っておきたいところだ。

今日の作業内容：発表資料作り
今日のランチ：つかさ　かんぱちまかない丼
明日の予測作業時間：6h

今日はあまり捗らず

サーバ関係でいろいろと調整が必要なので、発表資料の git レポジトリを別のサーバに移動しておいた。
今日はこのような細かい作業が多かった。

発表資料はスライドが２枚だけ進行。明日はスピードアップしたいところだ。

今日の作業内容：細かい作業 2h + 発表資料 1.5h
今日のランチ：食堂 豚キムチ炒めと冬のバランス惣菜
明日の予測作業時間：5h

Windows PC のバックアップ

最近、資料作りが続いて、左手の小指に負担がかかるようになったので、今日は資料作りは中止。
代わって、先週から残してあったWindows PC のバックアップを進めている。

とりあえず、knoppixでdd でのコピーは不良セクタが多いようでうまくできなかった。
そこで、Windows のインストールディスクから回復コンソールを実行して chkdsk /R を実行。
これで Windows がなんとか起動するようになった。

どうやら、レジストリファイルがひとつ壊れてしまっていたのが主原因のようで、これについてはバックアップから復帰したようだ。
Windows Update のときにレジストリファイルが破損した様子なので、どこまで影響が出ているかわからないが、まずは Windows を丸ごとコピーすることにした。

使うソフトは HDD に添付されていた Copydrive である。
これを実行するが、なぜか起動できずに終了する。
新規 HDD がフォーマットされていないといけないのかもしれない、と思い、パーティションを区切りなおしたうえで NTFS でフォーマットをし直したところ、無事に Copydrive が起動できるようになった。

現在コピー中で、コピーが終了したら、ケーブル接続をし直して、起動確認となる。

今日の作業内容：Windows バックアップ 5h
今日のランチ： 味庵 白身魚とマーボー春雨
明日の予測作業時間：5h

Note PC に Ubuntu をインストール

計画停電で停電になることが想定されたので、午前中に Note PC で環境づくりをした。
Note PC はデスクトップと違って充電池なので、２時間以上はそのまま作業を続けられるし、デスクトップよりも消費電力が小さい。

とりあえずは Ubuntu をインストールして、emacs + yatex + beamer + latexdraw + xpdf をインストールした。
これで、３時間の停電であれば、Note PC でそれなりに作業を続けられるようになった。

なお、仕事場は計画停電の予定時間になるとネットワークが利用できない状態になるので、その間はめーるなどのやり取りが遅れることになる。
これからは、締め切りについては、さらに余裕を持つ必要がありそうだ。

今日の作業内容：Ubuntu インストール 2h + 発表資料作成 4h
今日のランチ：　らく　まぐろのづけ丼
明日の予測作業時間：6h

Windows PC が壊れた

これまで使ってきた Windows PC が今日壊れてしまった。

ただし、今日の地震で壊れたわけではなく、どうやら HDD が壊れたようだ。
何回か電源を入れると、１回だけ起動したので、すかさずバックアップ用のソフトをインストールしたが、もうひとつのバックアップ先となる HDD をつなぎ直してからは、まだうまく起動できていない。
これは来週に持越しである。

あと、今日の午後は地震が大きかったため、テレビなどのチェックを優先した。
発表資料の作成も、来週に持越しである。

今日の作業内容：Windows PC の復旧 2h
今日のランチ：日高屋 鶏から揚げラーメンと餃子のセット
明日の予測作業時間：5h

Linear Embeddings in Non-Rigid Structure from Motion

調べ物をしていて、うっかり気がついてしまったが、

Linear Embeddings in Non-Rigid Structure from Motion
http://vision.ucsd.edu/~vrabaud/papers/LinearEmbeddingsInNRSFM_CVPR09.pdf

にある内容はセンサーネットワークの問題によく似ている。
しかも、ソースが
http://code.google.com/p/vincents-structure-from-motion-matlab-toolbox/
にあり、この中で 「SDPA, CSDP がおすすめ」とされている。
あとで、少し調べてみようと思う。

あと、昨日までの発表資料はだいたい最後のページまできた。
ただ、2時間のところをぼそぼそと練習していたら３時間３０分もかかってしまった。
やはり、英語のフレーズがポンポンと出てきていないので、慣れが必要そうだ。

今日の作業内容：資料づくり 3h + 発表練習 3.5h
今日のランチ：味庵　麻婆豆腐
明日の予測作業時間：3h

資料づくりの続き

昨日に続いて資料づくりの続きである。

今日は数値実験のところを beamer のスライドに移した。
このあたりは論文の中身をある程度持ってこれるので、かなり楽である。
ページ数も60ページ程度まで来たので、だいぶ容量が増えてきたと考えている。

今日の作業内容：資料づくり 7h
今日のランチ：シッダルータ チキンカレー
明日の予測作業時間：7h

The more papers you publish

The more papers you publish, the more rejections you receive.

ある本に載っている言葉であるが、名言である。
優れた研究者はたくさん論文を書いているが、より多くの reject もその分経験している、ということである。

今日は昨日に続いて資料づくりである。
だいぶペースもあがってきたので、明後日ぐらいにはラフに一通りの枚数ができあがる予定。
そこで、一度校正をして、だいたい何分ぐらいかかるかを見る。
そのあとで、本格的な修正を入れることになりそうだ。

今日の作業内容：資料づくり 7h
今日のランチ：ちゅらさん　しまなーのチャンプル
明日の予測作業時間：7h

今日は捗った

発表資料を作りこんでいたが、今日は捗った手ごたえがある。

今回の発表資料から、TeX + beamer + latexdraw と環境を変えたので、今まで慣れていない分だけ手間取っていたが、ようやく慣れてきた。
特に latexdraw がたまに動作が遅くなるのが、どういうことをしたときに遅くなるのか、ということが感覚的に解かってきたので、対応をとりやすくなってきた。
作業スピードが今までの2倍ぐらいになったかと思う（今までが遅すぎたのかもしれないが）。

あと、latexdraw で pause の命令を入れると beamer の footer がずれてしまうのが気になっていたが、これは uncover で解決できることが解かった。
しかも、uncover だと、latexdraw で書いた部分以外のところの uncover とも同じタイミングで表示できるので、文章と図のタイミングを合わせることができて、とても便利である。
(ただし、uncover 命令を latexdraw は解釈できない。)

今日の作業内容：発表資料作り 6h
今日のランチ： 四川 ホイコーロー
明日の予測作業時間：7h

SDPA のホームページの移行をほぼ完成

すこし手間はかかったが、なんとか sourceforge へとデータを移行できた。
新しいページは以下の URL となる。

http://sdpa.sourceforge.net/

sourceforge のおかげでメーリングリストなども完備されている。
ユーザのメーリングリストは
sdpa-users (at) lists.sourceforge.net
として作っておいた。

ちなみに、rsync によるデータのアップロードであるが、
プロジェクトのホームページについては、
$ rsync -e ssh -autvl --delete --progress htdocs/ ユーザ名,sdpa@frs.sourceforge.net:/home/project-web/sdpa/htdocs/
であり、ダウンロードするファイルの部分は、
$ rsync -e ssh -autvl --delete --progress files/ ユーザ名,sdpa@frs.sourceforge.net:/home/frs/project/s/sd/sdpa/files/
となっている。
(昨日の時点では、/home/frs のディレクトリを見落としていた。)
なお、frs のほうの s/sd/sdpa については、sdpa などのプロジェクト名の最初の文字と最初の２文字でディレクトリを切っているようだ。

今日の作業内容：SDPA ホームページ移行 5h + 論文校正 1h
今日のランチ：さか本 おそばとトロロ丼セット
明日の予測作業時間：4h

ホームページ作りの続き

午前中を書類作成に取られたので、それほどは進まなかったが、ホームページ作りの続きをしている。

sourceforge.net にまだ慣れていない部分があるので良く分からない点があり、ダウンロード用のファイルを Web ブラウザ経由でアップロードしたときにどこにアップロードされるのか分からない。
sourceforge は ssh 経由でもログインできるのであるが、ブラウザ経由で作成したフォルダが見つからないのである。
SDPA の場合は、過去のソースファイルなどをあわせると 150 個程度をアップロードしなければならないので、できれば scp でアップロードして tar で展開する、ということをしたいと考えている。
もう少し調べてみようと思う。

ちなみに、sourceforge.net での ssh 経由のログインは、
http://sourceforge.net/apps/trac/sourceforge/wiki/SSH%20Client
http://sourceforge.net/apps/trac/sourceforge/wiki/Shell%20service
のあたりに詳しく書かれている。

(追記)
今調べたところ、
$ scp file.zip jsmith,fooproject@frs.sourceforge.net:/home/frs/project/f/fo/fooproject/Rel_1
とすれば直接ファイルにアクセスできることが
http://sourceforge.net/apps/trac/sourceforge/wiki/Release%20files%20for%20download
に書かれていた。
このサーバーには ssh でログインできないようだ。
でも、scp には -r をつけてディレクトリごとに扱うこともできるし、rsync することもできるので、特に苦労はなさそうだ。



今日の作業内容：書類作成 2h + ホームページ作成 2h
今日のランチ：鶏こまち 鶏の味噌カツ丼
明日の予測作業時間：8h

ホームページ作成中

sourceforge への移行のために、SDPA のホームページを作成している。
とはいっても、現在のホームページに原稿はあるので、それを使うことにしている。

新規なのは css ファイルであり、これと組み合わせる Javascript 部分も新しくしている。
これによって、文章は同じだけどデザインがガラッと変わる予定である。
また、メーリングリストなども sourceforge のものが使えるので、そちらを示すようにページを変更している。

とりあえず、デザインが壊れないかを確認するために簡単なところから片付けているが、あとはファイルのダウンロードなどを移行することになる。ダウンロードのところは、debian パッケージの関係などがあるので、フォルダで整理する必要がある。

今日の作業内容：ホームページ作成 4h + 研究打ち合わせ 9h
今日のランチ：ちゅらさん　豚しょうが焼き
今日のディナー：麺通団 塩釜玉, かしわ, かきあげ
明日の予測作業時間：4h

SDPA は sourceforge へ

SDPA のホームページやメーリングリストを sourceforge へ移すことにしたので、その準備を開始した。
また始めたばかりでファイルのアップロードなどはしていないが、とりあえずメーリングリストだけは作った。
SDPA を 7.3.4 から 7.3.5 にする段階で、git についても整理して公開できるようにしたいと考えている。
今までは比較的に closed な開発だったが、これからはよりいっそう open な開発にできると思う。

今日の作業内容：sourceforge 移行 5h
今日のランチ：たちばな　マダイ
明日の予測作業時間：4h